嘴巴是人體內擁有最多元化微生物的地方之一。在口腔中發現的細菌群落高度複雜，約有1,000種物種，包括病毒、真菌、古細菌和細菌。雖然有一半的口腔細菌仍未能在實驗室中培養；然而透過高通量測序方法，科學家已可清楚口腔有哪些細菌群落。最常見的兩種細菌性牙齒疾病為齲齒（蛀牙）和牙周病，現在它們被認為是由生物膜，而不是單一病原體引起。
科學家發現有蛀牙者的唾液微生物群與沒有蛀牙者有所不同。口腔中一些細菌會發酵食物中的碳水化合物產生酸。大量酸會將牙齒結構溶解，導致蛀牙。如果我們反覆攝取大量碳水化合物，會形成酸性的口腔環境，侵蝕牙齒。酸性口腔環境亦會令口腔微生物群變為以耐酸性物種為主。在這些物種中，變形鏈球菌（Streptococcus mutans）的致齲性早已被廣泛研究，並一度被認定為致病原。
然而，透過現代高通量測序，我們認識到口腔中有大量自然存在的物種與蛀牙有關。
微生物群與蛀牙的關係十分複雜，而微生物群的物種及多樣性，亦會隨着蛀牙的進程而變化。