精簡版於2019年1月11日晴報刊登
今次和大家談談細菌的分類和其重要性。細菌的分類方式跟其他生物相似，也是界、門、綱、目、科、屬（genus）、種（species），而屬和種比較常用。以我們現代人類為例子，分類學中為 Homo屬， Homo sapiens 種. Homo 拉丁文通 ‘人’ 而sapiens 則指’智慧’。合起來便是常聽見的’智慧人種’。 細菌也一樣，常聽見的大腸桿菌Escherichia coli (E.coli) 中 Escherichia 是屬、Escherichia coli 是種。
菌種之下便是菌株，亦即平常在標籤上見到的菌種後方，由英文字和數字組成、似編號的字串。菌株是某群被分離出來的丶特性及基因更相近的同種細菌。從現代基因科學的定義，同一個菌株必須是基因組成上相同。不同的菌株特性可以差天共地，同一菌種，可以是致命害菌亦可以是益生菌。
例如大腸桿菌的其中兩個株E. coli O104:H4 和 E.coli Nissle 1917。前者是2011年於德國爆發，造成超過50人死亡的食物中毒的原兇；後者則是已有100年研究的益生菌，能有效舒緩潰瘍性結腸炎、減少腸道炎症、調節免疫系統、增強腸壁和抑製其他致病性大腸桿菌及致病菌如沙門氏菌於腸道生長。
事實上大腸桿菌是一種常見於人類和溫血動物腸道內的細菌。大多數大腸桿菌菌株都沒有害處，但某些菌株在基因中出現額外的遺傳信息，並製造病毒因子。由於這種病毒基因對於大腸桿菌屬的成員並非必需基因，因此它們被分子遺傳學家稱為「奢侈基因」。含有此「奢侈基因」如『產志賀毒素大腸桿菌』，能產生強烈毒素(VERO)，引致溶血尿毒症(因紅血球異常分解和血小板減少而影響血液凝固的一種嚴重併發症，常與嚴重急性腎衰竭並存)和出血性腹瀉。如沒有妥善處理受這種大腸桿菌污染的食材，可導致嚴重的食物傳播疾病。
所以，當分辨細菌時，不要好人當賊辦，要看清菌株!
參考資料/延伸閱讀:
＜益生第一關＞ 2016/05/27 益生菌姓甚名誰？
https://skypost.ulifestyle.com.hk/article/1605317/sras001/%E6%B8%AF%E8%81%9E
＜益生第一關＞ 2016/06/10細菌的「社會秩序」
＜益生第一關＞ 2018/03/16腸道菌與腸癌多面睇
https://hskgene.com/blogs/probiolife-first/colon-cancer
＜益生第一關＞ 2018/06/01教你點揀—益生菌補充劑
https://hskgene.com/blogs/probiolife-first/choosing_probiotics
Google Images: coli O104:H4 E.coli Nissle 1917
Easy Reading:
100 years of E. coli strain Nissle 1917
https://blog.oup.com/2017/04/e-coli-strain-nissle-1917-timeline/
產志賀毒素大腸桿菌感染
https://www.chp.gov.hk/tc/healthtopics/content/24/23315.html
食物中的腸道出血性大腸桿菌
https://www.cfs.gov.hk/tc_chi/programme/programme_rafs/programme_rafs_fm_02_11.html
學術論文：
Scaldaferri, F., Gerardi, V., Mangiola, F., Lopetuso, L. R., Pizzoferrato, M., Petito, V., ... &Gasbarrini, A. (2016). Role and mechanisms of action of Escherichia coli Nissle 1917 in the maintenance of remission in ulcerative colitis patients: an update. World Journal of Gastroenterology, 22(24), 5505.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4917610/
Sonnenborn, U., & Schulze, J. (2009). The non-pathogenic Escherichia coli strain Nissle 1917–features of a versatile probiotic. Microbial Ecology in Health and Disease, 21(3-4), 122-158.
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.3109/08910600903444267